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Actualité pharmacieutique

Navigation dans la voie de régulation des virus via l'exploration de texte et le graphe de connaissances

Publié le 20 mai 2020 par Helena Deus dans COVID-19

Un virus informatique exploite le fonctionnement
système d'un ordinateur pour se reproduire (se copier) et envoyer des copies de lui-même à d'autres
ordinateurs du réseau. De la même manière, un virus humain manipule le
«système d'exploitation» cellulaire, géré par des protéines cellulaires, pour se répliquer et infecter
d'autres cellules du corps. Plus précisément, le virus force la cellule à se terminer
ses opérations en cours et commencer à faire des copies de ses particules virales en contrôlant
l'expression et le comportement de protéines préexistantes dans la cellule.

SARS-CoV-2, le coronavirus responsable
pour la maladie COVID-19, est très nouveau. Pourtant, les épidémies de MERS et de SRAS ont
généré suffisamment de connaissances scientifiques sur les coronavirus, qui peuvent
utile pour comprendre les mécanismes biologiques par lesquels le SRAS-CoV-2 peut contrôler
cellules humaines.

Exploration de texte pour l'extraction de connaissances

Dans cette optique, nous avons utilisé le
outil d'exploration de texte pour identifier les protéines humaines qui ont été montrées par les scientifiques
être augmentée ou diminuée par les coronavirus après l'infection. De même, nous avons recherché
d'identifier les processus cellulaires qui sont augmentés ou diminués par certains
composés chimiques (médicaments), tels que les médicaments approuvés par la FDA, pour inverser les efforts
faites par les coronavirus pour contrôler les processus cellulaires pendant les infections. Cette
équivaut à parcourir la littérature scientifique à la recherche de processus informatiques
sont activés (augmentés) ou désactivés (diminués) par des virus informatiques et
antivirus.

Nous avons rassemblé les informations et les avons stockées sous la forme d'une base de données qui affiche les liens entre les médicaments étudiés, les protéines et les maladies (MERS et SRAS). Pour permettre un accès continu à des informations à jour, telles que les effets secondaires des médicaments, nous nous sommes assurés que les médicaments, les protéines et les maladies dans notre base de données sont liés à des identifiants externes dans les bases de données examinées telles que les bases de données HGNC et Uniprot. Nous avons également préservé la provenance des informations extraites en fournissant un lien vers les identifiants PubMed originaux.

Graphique de connaissances pour les explorateurs de données

À ce stade, nous avons décidé d'utiliser une base de données de graphiques pour explorer les données, qui ressemblent maintenant à un graphique dirigé. L'ensemble de données est désormais librement accessible pour téléchargement et exploration sur Mendeley. Après avoir remarqué cela, notre partenaire Neo4J a chargé les données dans une instance hébergée de neo4j, accessible à l'aide des informations d'identification suivantes:

nom d'utilisateur: elsevier

mot de passe: 3153v13ruser

Il serait utile de vous familiariser avec le langage de requête neo4j, cypher, pour explorer ces données. Voici une carte de référence utile que vous pouvez utiliser.

Coronavirus
Centre de recherche pour les scientifiques des données

Reconnaissant les besoins de collecte et d'exploration de données à l'appui du développement de médicaments et de vaccins COVID-19, Elsevier a lancé le Coronavirus Research Hub avec un accent particulier sur la science des données. En plus de l'ensemble de données d'origine de cette voie de régulation des virus visualisée, le portail comprend également l'accès aux articles en texte intégral liés à COVID-19 dans ScienceDirect, et à plus de 14 millions d'articles en texte intégral inter-éditeurs plus l'ensemble de données CORD-19. Rejoignez le centre de recherche dès aujourd'hui!

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